Un autónomo de baja: ¿Tiene que seguir pagando la cuota?

Como asesor fiscal especializado en autónomos, una de las preguntas que más escucho en mi despacho es: «Si me pongo enfermo y necesito coger una baja, ¿tengo que seguir pagando la cuota de autónomos?». La respuesta corta es sí, pero con matices importantes que han cambiado recientemente y que pueden suponer un alivio económico significativo.

Durante años he visto cómo muchos profesionales independientes evitaban solicitar la baja por miedo a no poder afrontar sus gastos. La realidad es que la protección social del trabajador autónomo ha evolucionado considerablemente, aunque sigue presentando desafíos particulares que conviene conocer.

En este artículo analizaré en profundidad todo lo que necesitas saber sobre las bajas laborales para autónomos: desde la obligación de pago de la cuota hasta las prestaciones económicas, requisitos y excepciones. Mi objetivo es aclarar todas tus dudas para que, en caso de necesitar una baja, puedas tomar las mejores decisiones para tu salud y tu negocio.

La evolución histórica de la baja para autónomos

La protección social de los autónomos en España ha seguido un camino lento pero constante hacia la equiparación con los trabajadores asalariados. Cuando comencé a asesorar a autónomos hace 15 años, la situación era muy diferente a la actual.

La prestación por incapacidad temporal para autónomos está regulada en la Ley General de la Seguridad Social, pero ha experimentado importantes modificaciones con el paso del tiempo. Un punto de inflexión fue 2008, cuando se estableció la obligatoriedad de cotizar por contingencias comunes y se dio la opción de hacerlo por contingencias profesionales, algo que desde 2019 pasó a ser también obligatorio.

El verdadero cambio llegó en 2023 con la reforma del sistema de cotización, que introdujo el pago según ingresos reales y, lo más relevante para nuestro tema, la exención del pago de la cuota tras 60 días de baja. Esta modificación supuso un respiro para muchos profesionales que antes debían seguir pagando independientemente de la duración de su incapacidad.

Recuerdo el caso de Miguel, un fontanero autónomo que en 2019 sufrió una lesión de espalda que lo mantuvo de baja durante tres meses. A pesar de ver reducidos sus ingresos, tuvo que seguir abonando íntegramente su cuota mensual. Si esa misma situación ocurriera hoy, Miguel estaría exento del pago durante el último mes de su baja.

Tipos de baja laboral para autónomos

Como autónomo, tienes derecho a diferentes tipos de baja laboral, cada una con sus particularidades en cuanto a requisitos y prestaciones:

Baja por enfermedad común

Es la más frecuente y cubre situaciones como una gripe, depresión o cualquier enfermedad no relacionada directamente con tu actividad profesional. Para este tipo de baja necesitas haber cotizado un mínimo de 180 días en los últimos 5 años, un requisito que sorprende a muchos de mis clientes cuando lo menciono, ya que suele ser más exigente que para otras situaciones.

Baja por accidente (laboral o no) y enfermedad profesional

Aquí entramos en un terreno donde la protección es mejor: no se exige periodo previo de cotización. La diferencia entre accidente común y laboral radica en si ocurrió durante tu actividad profesional o no, algo que determinará la entidad que gestiona tu prestación (mutua colaboradora o INSS).

La enfermedad profesional es aquella contraída a consecuencia de tu trabajo y que está incluida en el cuadro oficial de enfermedades profesionales. Trabajé con una traductora que desarrolló síndrome del túnel carpiano después de años tecleando sin descanso; al estar catalogada como enfermedad profesional, pudo acceder a tratamientos especializados cubiertos por la mutua.

Baja por maternidad y paternidad

Estas prestaciones están unificadas como «nacimiento y cuidado del menor» y requieren periodos de cotización diferentes según la edad de la madre:

• Menores de 21 años: no se exige periodo mínimo
• Entre 21 y 26 años: 90 días en los 7 años anteriores (o 180 días en toda la vida laboral)
• Mayores de 26 años: 180 días en los 7 años anteriores (o 360 días en toda la vida laboral)

Requisitos para acceder a la baja como autónomo

Para poder cobrar la prestación por incapacidad temporal, debes cumplir tres requisitos fundamentales:

• Estar dado de alta en el RETA (Régimen Especial de Trabajadores Autónomos) en la fecha del hecho causante.
• Estar al corriente de pago de tus cotizaciones. Este punto es crucial y muchos lo pasan por alto. Si tienes deudas con la Seguridad Social, te darán un plazo de 30 días para regularizarlas y no perder el derecho a la prestación. He visto casos de autónomos que, tras sufrir un accidente, descubrieron que tenían recibos pendientes y tuvieron que abonarlos urgentemente para poder cobrar.
• Haber cotizado el periodo mínimo exigido, que varía según el tipo de baja:
  • Enfermedad común: 180 días en los últimos 5 años
  • Accidente o enfermedad profesional: no se exige periodo mínimo
  • Maternidad/paternidad: varía según la edad, como expliqué anteriormente

Un aspecto que suele generar confusión es la necesidad de presentar una declaración de actividad. Si estás de baja, debes informar sobre si tu negocio continúa funcionando o no, y si hay alguien que te sustituye. Esto es particularmente importante para autónomos con trabajadores a cargo o un negocio que no puede cerrarse temporalmente.

Cuánto cobra un autónomo de baja: cálculo de la prestación

La cuantía de la prestación depende de tu base de cotización y del tipo de baja. Aquí es donde entra en juego la importancia de elegir bien tu base de cotización, algo que siempre aconsejo valorar detenidamente a mis clientes.

Para enfermedad común:

• Del día 4 al 20: 60% de la base reguladora
• A partir del día 21: 75% de la base reguladora
• Los 3 primeros días no se cobra prestación

Para accidente o enfermedad profesional:

• Desde el primer día: 75% de la base reguladora

La base reguladora se calcula a partir de la base de cotización del mes anterior a la baja. Con el nuevo sistema de cotización por ingresos reales, esta cantidad estará más ajustada a tus ingresos efectivos.

Para que lo entiendas mejor, pongamos un ejemplo: María, diseñadora gráfica freelance, cotiza por la base mínima (aproximadamente 950€ en 2025). Si coge una baja por enfermedad común, cobrará:

• Del día 4 al 20: 570€ mensuales (60% de 950€)
• A partir del día 21: 712,50€ mensuales (75% de 950€)

Como puedes ver, la prestación suele ser significativamente menor que los ingresos habituales, lo que explica por qué muchos autónomos son reacios a solicitar la baja excepto en casos graves.

¿Tiene que seguir pagando la cuota un autónomo de baja?

Llegamos a la pregunta central de este artículo: ¿debe un autónomo seguir pagando su cuota mensual mientras está de baja? La respuesta ha cambiado recientemente:

Sí, pero solo durante los primeros 60 días de baja. A partir del día 61 de baja consecutiva, desde 2023, el autónomo queda exento del pago de la cuota hasta recibir el alta médica.

Esta modificación normativa supone un alivio importante para bajas de larga duración. En mi experiencia, las bajas que superan los dos meses suelen estar relacionadas con situaciones graves (operaciones quirúrgicas, tratamientos prolongados, accidentes serios), precisamente cuando más se necesita ese apoyo económico.

Para que te hagas una idea del impacto: un autónomo que cotiza por la base mínima y está de baja durante tres meses ahorrará aproximadamente 300€ al no tener que pagar la cuota del tercer mes. Esta cantidad puede parecer modesta, pero en situaciones de vulnerabilidad económica marca una diferencia significativa.

Es importante recalcar que esta exención es automática; no necesitas realizar ningún trámite adicional para beneficiarte de ella. La Seguridad Social la aplica directamente una vez has superado los 60 días de baja continuada.

El caso especial de la pluriactividad

Si eres un trabajador en pluriactividad (cotizas simultáneamente como autónomo y como asalariado), las reglas cambian ligeramente. En este caso, podrías solicitar la devolución del 50% del exceso de cotización si has superado la cotización máxima establecida, un matiz que pocos conocen y que puede suponer un ahorro considerable.

Bonificaciones para contratar sustitutos durante la baja

Una de las mayores preocupaciones de los autónomos cuando se plantean una baja es: «¿Qué pasará con mi negocio?». Para muchos profesionales, cerrar temporalmente no es una opción viable.

La buena noticia es que existen bonificaciones del 100% en la cuota empresarial si contratas a un trabajador para que te sustituya durante tu baja. Esta medida está pensada precisamente para que puedas mantener tu actividad sin que suponga un coste adicional excesivo.

Para acceder a esta bonificación debes cumplir estos requisitos:

• El contrato debe ser por interinidad
• El sustituto debe estar desempleado
• La sustitución debe coincidir con el periodo de baja

He asesorado a varios comerciantes y profesionales liberales que han utilizado esta opción con éxito. Por ejemplo, Ana, propietaria de una papelería, pudo mantener su negocio abierto durante su baja por maternidad gracias a esta bonificación, contratando a una persona que ya conocía el sector.

Procedimiento para solicitar la baja y plazos legales

El proceso para solicitar la baja laboral como autónomo sigue estos pasos:

• Acudir al médico y obtener el parte de baja correspondiente.
• Presentar el parte y la solicitud de prestación en un plazo máximo de 15 días. Dependiendo del tipo de contingencia (común o profesional), deberás dirigirte a la entidad que gestione tu prestación: el INSS o tu mutua colaboradora.
• Realizar la declaración de situación de actividad en el mismo plazo de 15 días, indicando si tu negocio seguirá funcionando y quién se hará cargo.
• Entregar los partes de confirmación cada 7, 14 o 28 días, según la duración estimada de tu baja.
• Presentar el parte de alta cuando te reincorpores a tu actividad profesional.

Un error común que he detectado es no cumplir estrictamente con los plazos de presentación de documentación. He visto casos de autónomos que, por retrasos en la entrega de los partes de confirmación, han tenido problemas con el cobro de su prestación. Mi consejo es ser extremadamente riguroso con estas fechas.

Las consecuencias económicas de la baja para autónomos

Coger una baja como autónomo tiene implicaciones económicas que van más allá del cobro de la prestación y el pago de la cuota:

Impacto en la facturación

Si tu negocio depende exclusivamente de ti, la baja puede suponer una caída drástica o total de tus ingresos. Por eso es crucial tener un plan de contingencia que puede incluir:

• Acuerdos de colaboración con otros profesionales del sector
• Servicios automatizados que puedas mantener durante tu ausencia
• Un fondo de emergencia para periodos sin ingresos

Efectos fiscales

Durante la baja, la prestación que recibes está sujeta a IRPF, aunque no se aplica retención en el momento del pago. Esto significa que deberás considerarla en tu declaración anual de la renta.

Al mismo tiempo, tus gastos profesionales probablemente se reducirán durante este periodo, lo que podría afectar a tu balance fiscal del año. Recomiendo llevar un registro detallado de todos los gastos que continúes teniendo, aunque estés de baja, para poder deducirlos correctamente.

Impacto en clientes y proyectos

Este es un aspecto que suele preocupar mucho a los autónomos con los que trabajo. La interrupción de servicios puede afectar a relaciones comerciales a largo plazo, por lo que aconsejo:

• Comunicar la situación con honestidad y antelación cuando sea posible
• Ofrecer alternativas o recomendaciones de otros profesionales
• Mantener algún canal de comunicación mínimo para urgencias

Estrategias preventivas: cómo protegerte mejor

A lo largo de los años, he identificado varias estrategias que pueden ayudarte a afrontar mejor una posible baja:

Ajustar tu base de cotización

Si tus ingresos te lo permiten, aumentar tu base de cotización puede ser una buena idea. Aunque pagarás más cada mes, también recibirás una prestación mayor en caso de baja. Con el nuevo sistema por tramos de ingresos, esta decisión es ahora más natural, ya que tu base estará más relacionada con tus ingresos reales.

Recuerda que puedes cambiar tu base de cotización hasta seis veces al año (cuatro en el sistema anterior), lo que te permite ser más flexible según tus expectativas y necesidades.

Contratar seguros complementarios

Muchos de mis clientes optan por complementar la protección pública con seguros privados específicos para autónomos. Estos pueden cubrir:

• La diferencia entre la prestación pública y tus ingresos habituales
• Los días no cubiertos (los 3 primeros en caso de enfermedad común)
• Gastos fijos profesionales durante tu baja

El coste de estos seguros varía según la cobertura, pero suelen situarse entre 30€ y 150€ mensuales, un gasto que, además, es deducible fiscalmente.

Crear un fondo de emergencia

Siempre recomiendo a los autónomos disponer de un fondo de emergencia que cubra al menos tres meses de gastos personales y profesionales. En caso de baja, este colchón financiero puede ser fundamental para mantener la tranquilidad y centrarse en la recuperación.

Preguntas frecuentes sobre la baja de autónomos

¿Puedo trabajar estando de baja como autónomo?

No. Realizar cualquier actividad laboral mientras estás percibiendo una prestación por incapacidad temporal es incompatible y puede acarrear sanciones graves, incluyendo la devolución de lo cobrado indebidamente y posibles multas. La Seguridad Social realiza controles periódicos y las denuncias por fraude son cada vez más frecuentes.

¿Qué ocurre si enfermo pero no cumplo el periodo mínimo de cotización?

Si no cumples el requisito de 180 días cotizados en los últimos 5 años para enfermedad común, no tendrás derecho a la prestación económica. Sin embargo, seguirás teniendo derecho a la asistencia sanitaria. Una alternativa en estos casos sería valorar si tu situación puede considerarse accidente, ya que para esta contingencia no se exige periodo mínimo.

¿Cuánto tiempo puedo estar de baja como autónomo?

El periodo máximo es de 365 días, prorrogables por otros 180 días si se prevé que durante ese tiempo podrías recibir el alta médica. Transcurrido este periodo, se evaluará si procede una incapacidad permanente. Es importante saber que, a diferencia de los asalariados, los autónomos no pueden encadenar bajas por distintas patologías para prolongar este periodo.

¿Debo seguir presentando declaraciones trimestrales mientras estoy de baja?

Sí, las obligaciones fiscales se mantienen aunque estés de baja. Deberás presentar tus declaraciones trimestrales de IVA e IRPF según el calendario habitual. La única excepción sería si has tramitado la baja censal en Hacienda, algo que solo recomiendo para bajas muy prolongadas ya que implica el cese temporal de actividad.

¿Cómo afecta la baja a mi derecho a paro (cese de actividad)?

Los periodos de baja cuentan como cotizados a efectos del cese de actividad (el «paro» de los autónomos). Sin embargo, no puedes solicitar la prestación por cese mientras estés de baja; deberás esperar a recibir el alta médica. Además, si estabas cobrando el cese de actividad y caes de baja, la prestación por cese quedará en suspenso hasta tu recuperación.

¿Puedo solicitar la baja si trabajo para una sola empresa (autónomo TRADE)?

Los autónomos económicamente dependientes (TRADE) tienen los mismos derechos y obligaciones respecto a la baja que cualquier otro autónomo. La principal diferencia es que, en tu contrato con tu cliente principal, debe establecerse qué ocurre con tu actividad durante la baja. Algunos contratos TRADE incluyen cláusulas específicas que permiten la sustitución temporal por otro profesional.

¿Es compatible la baja con otras prestaciones o pensiones?

La prestación por incapacidad temporal es incompatible con el trabajo, pero puede ser compatible con otras prestaciones como la de hijo a cargo o determinadas pensiones, siempre que no deriven del mismo proceso patológico. Un caso frecuente es el de autónomos que compatibilizan su actividad con una pensión de jubilación parcial; en este caso, si causan baja, solo percibirán la prestación correspondiente a su actividad como autónomos.

A lo largo de mi carrera asesorando a autónomos, he visto demasiados casos de profesionales que han puesto en riesgo su salud por miedo a las consecuencias económicas de coger una baja. Otros han solicitado altas prematuras por la presión de seguir pagando la cuota mientras veían mermados sus ingresos.

La reciente modificación que exime del pago de la cuota tras 60 días de baja supone un avance significativo, aunque todavía estamos lejos de la protección que disfrutan los trabajadores asalariados.

Mi recomendación final es tratar la posibilidad de una baja como cualquier otro riesgo profesional: analízalo, prepárate para ello y establece las protecciones adecuadas. Tu salud debe ser siempre la prioridad; sin ella, ningún negocio o proyecto profesional tiene futuro.

Te animo a revisar tu situación actual: ¿estás adecuadamente protegido ante una posible baja? ¿Tu base de cotización refleja tus necesidades reales? ¿Has valorado complementos de protección privados? Estas preguntas pueden ayudarte a tomar decisiones más informadas para tu futuro como autónomo.

Si necesitas asesoramiento personalizado sobre tu situación concreta, no dudes en consultar con un profesional especializado en autónomos. Cada caso es único y las estrategias deben adaptarse a tus circunstancias particulares, sector de actividad y estructura de ingresos y gastos.